Com relação às medidas de segurança e sua relação com a Lei nº 10.216/2001 − Lei Antimanicomial:

A desinternação condicional foi uma inovação da Lei Antimanicomial, que passou a ter aplicação prática a despeito do regime do Código Penal, que apenas permite a desinternação com a cessação da periculosidade atestada por perícia médica.

A despeito do conflito de regimes entre o Código Penal e a Lei Antimanicomial, nas duas leis garante-se expressamente o direito da pessoa sob tratamento de ter acesso aos meios de comunicação disponíveis e de sigilo nas informações prestadas.

O Código Penal dispõe que na falta de vaga em estabelecimento hospitalar, a pessoa deve aguardar a vaga em presídio comum, ao contrário da Lei Antimanicomial que veda expressamente tal possibilidade em observação à dignidade humana.

O Código Penal só permite a perícia médica do internado uma vez por ano, ao contrário da Lei Antimanicomial que prevê avaliações constantes em benefício da pessoa sob tratamento, que pode ter sua melhora constatada em período inferior a um ano.

O Código Penal estabelece a internação do inimputável como regra, ao contrário da Lei Antimanicomial que só a indica quando os recursos extra-hospitalares se mostrarem insuficientes.